Otto Frank survécut au camp d'Auschwitz et fut libéré par l'Armée rouge le 27 janvier 1945. Il revint à Amsterdam et chercha à savoir ce qu'étaient devenues sa femme et ses filles. Il gardait espoir de les retrouver. Il fut informé que sa femme était morte et que ses filles avaient été transférées à Bergen-Belsen. Bien qu'il ait espéré qu'elles aient pu survivre, la Croix-Rouge en juin 1945 lui confirma les décès d'Anne et Margot. C'est seulement à ce moment que Miep Gies lui donna le journal d'Anne qu'elle avait réussi à sauver. Otto le lut et expliqua plus tard qu'il ne s'était pas rendu compte qu'Anne avait conservé une trace aussi précise et bien écrite du temps qu'ils avaient passé ensemblre. Sachant qu'Anne désirait devenir écrivain, il commença à envisager de le publier. Quand on lui demanda plusieurs années plus tard quelle avait été sa première réaction, il dit simplement : Je ne savais pas que ma petite Anne était aussi profonde.

  Le journal d'Anne débute avec l'expression privée de ses pensées et elle y écrit plusieurs fois qu'elle n'autorisait jamais personne à le lire. Il décrit sa vie de manière candide, ses familles et ses compagnons, leur situation, tout en commençant à reconnaître les ambitions de son auteure d'écrire et publier des oeuvres de fiction. Au printemps 1944, suite à l'émission de Radio Londres au cours de laquelle elle entendit le ministre de l'Education du gouvernement néerlandais en exil dire que lorsque la guerre serait terminée, il rendrait publics les témoignages de l'oppression du peuple néerlandais sous l'occupation allemande, elle commença à corriger ses écrits, supprimant des sections, en réécrivant d'autres, dans le but de les publier. Son journal original fut agrémenté de plusieurs autres carnets de notes et feuilles volantes. Elle créa des pseudonymes pour les membres de l'Annexe et les personnes qui les avaient aidés. La famille Van Pels devint Hermann, Petronella, et Peter Van Daan, et Fritz Pfeffer devint Albert Düssell. Otto Frank utilisa son journal original, connu sous le nom de "version A", et la version corrigée, connue sous le nom de "version B", pour produire la première publication du journal. Il supprima certains passages, principalement ceux parlant de sa femme dans des termes peu flatteurs, ainsi que des sections décrivant l'évolution de la sexualité d'Anne. Bien qu'il ait restauré les identités véritables des membres de sa famille, il ne modifia pas les autres pseudonymes.

  Il donna le journal à l'historienne Annie Romein-Verschoor, qui essaya sans succès de le publier. Elle le donna alors à son mari Jan Romein, qui écrivit un article au sujet du journal intitulé "Kinderstem" ("La voix d'un Enfant"), publié dans le quotidien Het Parool le 3 avril 1946. Il écrivit que le journal "bégayé par la voix d'un enfant, incarne toute la cruauté du fascisme, plus que toutes les preuves que le procès de Nuremberg ait pu réunir." Son article attira l'attention d'éditeurs, et le journal fut publié en 1947, suivi d'une seconde publication en 1950. La première version américaine fut publiée en 1952 sous le titre Anne Frank : The Diary of a Young Girl (Anne Frank : Le journal d'une jeune fille). Une pièce basée sur le journal, par Frances Goodrich et Albert Hackett, fut présentée en première à New York le 5 octobre 1955 avant de gagner plus tard le prix Pulitzer dans la catégorie Drames. Elle fut suivie en 1959 par le film The Diary of Anne Frank (Le Journal d'Anne Frank), qui fut un succès critique et commercial. Au fil des années la popularité du journal grandit et dans plusieurs écoles, en particuliers aux Etats-Unis, il fut intégré dans le programme scolaire, faisant ainsi découvrir Anne Frank à de nouvelles générations de lecteurs.

  En 1986, l'Institut national des documents de guerre des Pays-Bas publia une édition critique du journal. Elle incluait des comparaisons de toutes les versions connues, publiées. Il incluait aussi des commentaires certifiant l'authenticité du journal ainsi que des informations historiques supplémentaires sur la famille Frank et le journal lui-même.

  En 1999, Cornelis Suijik, un ancien directeur de la fondation Anne-Frank et président du centre américain pour l'éducation sur la Shoah, annonça qu'il était en possession de cinq pages qui avaient été enlevées du journal par M. Frank avant sa publication; Suijik déclara qu'Otto Frank lui avait donné ces pages avant sa mort en 1980. Les passages manquants du journal contenaient des remarques critiques d'Anne par rapport aux tensions entre ses parents, et montre le peu d'affection d'Anne anvers sa mère.

  Une controverse apparut quand Suijik réclama ses droits de publication sur les cinq pages et voulut les vendre pour collecter de l'argent pour sa fondation américaine. L'Institut National des Documents de Guerre des Pays-Bas, le précédent propriétair du manuscrit, réclama la restitution des pages en question. En 2 000, le ministre hollandais de l'Education, de la Culture et des Sciences conclut un accord avec la fondation de Suijik en lui versant 300 000 USD et les pages furent rendues en 2001. Depuis lors, elles ont été incluses dans les nouvelles éditions du journal.